Lastig dingetje wel hoor, dat wat we inmiddels de Engelse variant (B.1.1.7 als aanduiding) noemen. Er zijn een hele hoop vragen wat het nu daadwerkelijk betekend. En het is nog te vroeg om te zeggen of dit - met het oog op de lange termijn - extra zorgwekkend is of niet. Het lijkt erop dat de variant in een relatief kort tijdsbestek is op komen zetten:
. Dat deze mutatie is opgemerkt is op zich al een geluk bij een ongeluk. Een beetje backgroun (heb niet heel veel tijd, maar stel gerust vragen als het niet te volgen is). *De nummers tussen haaljes verwijzen naar mijn oaint-knutsel onder de tekst.
A. het genetisch materiaal van het virus word in oplossing gebracht, dit is een heel lange keten (1) met alle onderdelen van het virus. Verschillende stukken van de ketting coderen voor verschillende onderdelen. Bijvoorbeeld het rode deel is het spike eiwit (de bolletjes op de kroon) en binnen dat spike eiwit is weer een deel van de ketting het receptor-bindend-domein (geel) (2)
B. Mutaties zijn veel voorkomend, meestal simpele substities waarin een nucleotide op een bepaalde plek veranderd (C, T, A en G zijn de mogelijkheden). Drie nucleitiden maken een amminozuur in de vertaling, CCT en CGT kunnen beide verstalen naar hetzelfde, maar anderen veranderen een Histine naar een Valine aminizuur (69e plek H, 70e plek V in de naamgeving bijv). Andere mutaties zijn repeats (een duplicatie van een stukje), inversions (omdraaien van de leesvolgorde van een sector) en deletions (verdwijnen van een enkele of meerdere bases uit de ketting.
C. Stukjes van het virus genoom die specifiek zijn voor Covid zijn bekend. Hiervoor worden primers ontwikkeld die precies tegengesteld zijn, (C is complementair met G, A met T). In de PCR reactie gaan die primers binden met een fragmentje (van 20 baseparen lang) en beginnen ze te kopieren. De engelsen gebruiken drie primers in hun test voor verschillende locaties van het viraal spike genoom (3).
D. Tijdens de PCR krijg je amplificatie van een bepaald stukje (4). Zodra deze heel talrijk zijn in je oplossing (bijv meer dan 1.000.000 kopien) wordt het gedetecteerd. De multiplicatiecyclus zegt hoeveel verdubbelingen je nodig hebt voor het signaal. Heeft iemand 2x zo veel virus dan is de CT waarde waarop je detecteerd 1 cyclus lager. Heb je 4x zoveel 2 lager, 8x zoveel 3 cycle lager etc.
E. Na de reacties kun je het sample op een gel brengen met kleine porien. Door een lading gaan de met ionen gecoate fragmenten van de + naar de - pool van de gel lopen. Grotere fragmenten hebben meer moeite door de gel te gaan en reizen trager. Met een lader (bekende grote deeltjes met een verfje) heb je een referentie. De bandjes die je ziet geven dus aan dat een fragment gerepliceerd is.
F. Toevallig zat in 1 van de drie door primers gemultipliceerde delen een sterke mutatie. Ofwel in de regio waar de primer aangrijpt (deze bind dan niet of minder waardoor je veel meer onderscheid in CT waardes, of zelfs het ontbreken van 1 van de drie kenmerken het gevolg is. Ofwel in de regio tussen de twee primers (bij een deletion is je fragment niet meer 318 baseparen maar nu nog 310 baseparen groot.
Daarop aangerijpend, die goed onderscheidbare en covid specifieke regios worden ook in sneltests gebruikt. Dus dat een deel van de sneltest die toevallig ook die "in de engelse versie gemuteerde sectie" gebruikten pakken deze minder goed op.
Het totale eiwit blijft ook na een mutatie in de meeste gevallen voor 99% indentiek aan het orgineel. De kans dat de vaccins blijven werken is dus best groot.
De CT waardes van de afstrijkjes van besmette personen lijken iets lager te zijn bij de nieuwe variant (dus minder vaak verdubbelen nodig om te detecteren). Dit word geintepreteerd als meer virus aanwezig in de neus en keel, en is een van de verklaringen waarom het zich makkelijker verspreid. Of dat slecht is is een tweede, als meer van de ziekte in de neus bestreden word in plaats van in de longen dan kan het evengoed een positieve ontwikkeling zijn. Het is te vroeg om met zekerheid te zeggen.
Disclaimer: eens in de zoveel tijd word met steekproeven ook het hele genoom gesequenced (volgordebepaling van het geheel van afbeelding 1), maar dan was het minder snel opgevallen dat er zoiets als een engelse variant rondging. Nu zaten ze er vrij snel op (geluk bij een ongeluk).
Disclaimer2: behoorlijk versimpeld om op hoofdlijnen t idee te schetsen.